In den salzärmeren Boddengewässern leben Salzwasserfische, als auch Süßwasserfische. Bedeutendste Fischarten sind der Dorsch, Hering, Aal, Zander, Hecht, Barsch, Hornhecht, einige Weißfischarten und verschiedenste Plattfische.

In den großflächigen Laubwäldern sind zahlreiche Rot- und Damhirsche, Rehe, Wildscheine, Marder- und Vogelarten beheimatet.

Verschiedenste Seevogelarten leben und brüten auf Rügen. Im Frühjahr und Herbst rasten tausende von Zugvögel auf Deutschlands größter Insel. Der faszinierendste ist wohl der Graue Kranich, welcher nicht nur rastet, sondern auch vereinzelt in den natur belassenen Aue- und Bruchwäldern der Insel brütet. Sehr erfreulich ist auch der wachsende Bestand der Seeadler. 

Auf Salz-,Feucht-, Trockengraswiesen, in Sümpfen, Mooren, Seen, in uralten Buchenwäldern, in den Kiefernwäldern der Küsten leben verschiedenste seltene Insekten-, Spinnen- und Weichtierarten.